省海洋与渔业厅设9个职能处室和离退休干部处、机关党委。 　　
　　（一）办公室 　　
　　 协助厅领导组织协调机关日常工作；负责机关文秘、信息、档案、保密、信访、督查、宣传、会务、接待、后勤、保卫和综合性文稿的起草工作。承办“海上山东”建设领导小组办公室的日常工作。 　　
　　（二）政策法规处
　　研究提出海洋与渔业发展战略和政策措施；拟定海洋与渔业法制建设规划，组织协调海洋与渔业立法起草调研；负责相关法规及规范性文件的审查备案；主管海洋与渔业行政应诉、复议和行政执法监督检查；组织海洋与渔业普法宣传、执法人员培训及核发执法证件。 　　
　　（三）人事处
　　负责厅机关和直属单位的人事、劳动工资和社会保障工作；组织、指导本系统的教育培训、渔民技术职称评定和行业技能鉴定工作。 　　
　　（四）计划财务处
　　研究拟定海洋与渔业中长期发展规划和年度计划；负责海洋与渔业基本建设、技改项目的论证、报批；负责海洋与渔业统计工作；编制海洋与渔业事业费预决算并监督执行；负责指导、监督厅机关和直属单位财务、国有资产管理。 　　
　　（五）科技与对外合作处
　　组织拟定海洋与渔业科技发展规划与计划；负责海洋与渔业重大科技项目的论证、申报与组织实施及科技成果的推广应用；指导厅属科技单位的业务工作；负责海洋与渔业涉外国家安全防范、对外经济技术交流和合作；负责远洋渔业开发管理；监督执行国际渔业公约和双边、多边渔 业协定，指导国际鲜销渔业管理工作。
　　（六）海域管理处
　　组织编制全省海洋功能区划和海域使用规划；组织实施海域使用许可制度和海域有偿使用制度；组织海洋、海岸工程和近岸海域采砂用海的海域使用可行性论证；会同有关部门审批近岸海域海底电缆铺设、管道路由和海上人工构造物设置；组织开展海洋、海岛和海岸带资源调查；组 织指导全省海域勘界和无居民岛屿开发管理。 　　
　　（七）环境保护处
　　组织、指导全省海洋与渔业水域环境保护工作；拟定全省海洋和渔业水域环境保护与治理规划；组织实施污染物排海总量控制制度，防止海洋石油勘探开发、海洋倾废和海洋工程建设项目造成的污染损害；选划和管理海洋自然保护区和海洋特别保护区；组织海洋环境调查和评价；组 织调查处理渔业水域污染事故；组织审核海岸工程项目和核准海洋工程项目的海洋环境影响报告书；负责海洋减灾防灾工作，管理海洋公益服务系统。 　　
　　 （八）渔业处
　　组织实施海洋农牧化工程，指导、协调全省渔业生产；负责水生野生动物的防疫工作；拟定并指导实施水产养殖、增殖计划，负责渔业原（良）种场建设以及苗种的引进、审批和质量监督管理；负责全省渔业示范基地建设，组织渔业经济调查，发布渔情预报；负责近海和外海渔汛期捕捞生产的调度和渔具渔法改良指导工作。 　　
　　（九）经济贸易处
　　指导全省水产品加工、流通和进出口贸易；根据国家授权拟定渔船、渔机、网具制造规范和其他渔业技术标准并监督实施；会同有关部门办理渔用药物和饲料的审批。
　　离退休干部处：负责厅机关离退休人员的服务工作，指导厅直属单位离退休人员的服务工作。 　
　　机关党委：负责厅机关及在济厅直属单位的党群工作。